鑑於近年來沿近海漁源枯竭，衝擊漁民生計與生活，基於照顧漁民及落實南市海域漁業資源永續利用，市府相當重視且積極推展各項漁業資源保育業務，以「增益漁業資源」及「改善海洋漁場」為主要工作，辦理包括魚苗放流活動、巡查非法漁業作業、人工魚礁投放、清除人工魚礁區覆網及海洋漁業資源保育宣導等，逐漸已有初步成效。

台南市政府農業局表示：近年來漁民經常反映出海作業抓無魚，顯見沿近海漁業資源持續枯竭，「魚苗放流」是最直接有效改善漁業資源的方式之一，市府樂見並積極推廣民眾與團體申請舉辦魚苗放流活動。今年度於市轄海域已核准9場魚苗放流活動，放流魚種包括烏魚、魴頭、四絲馬鮁(午仔)、黑鯛、黃錫鯛及點帶石斑，總計挹注本市海域124萬1000尾魚苗，投入總經費達216萬9千元整，透過民間與政府之合力，增益漁業資源。

同時為有效維護管理漁業資源，藉由漁民朋友的主動配合於出海作業隨時進行海上巡查通報海巡署118專用電話，取締非法電、毒、炸魚及其他違規捕魚行為，禁止本市3浬內違規籠具及50噸以上拖網漁船、叉手網及魩鱙漁業作業及6浬內違規燈火漁業作業，以減少漁業資源之破壞。倘發現非法漁業行為，即刻通報海巡弟兄協助處理，藉由持續巡護遏止不法漁業作業。今(102)年行政院海岸巡防署共查獲11件違規捕魚案件移送船籍機關處分。

農業局並指出，人工魚礁及保護礁投放設置，多年來是海洋漁業資源保育重要的環節，規劃設置良好的魚礁及保護礁不僅可供水產生物作為棲息繁殖場所，亦可使經營網具類業者因恐網具受礁體破壞而避開該區域，達到雙重效果。近年來市府結合農委會漁業署於市轄海域共投放6座大型鋼鐵人工魚礁，其聚魚效益亦甚獲漁民的好評與肯定，非常適合於台灣西半部沿海沙泥地投放。農業局並呼籲漁民朋友勿進入人工魚礁區作業，藉此維持魚礁功能，提供水產生物良好棲息環境，並避免造成網具受損及發生危險情事。

另外魚礁區覆網清理，改善漁場環境，也是市府對涵育漁業資源推動之重要工作，針對南市安平區沿海四處魚礁區，去年已進行第二礁區覆網清除工作，三天總計清除25公斤魚礁覆網，今年預計於中秋節過後天氣逐漸平穩時，進行其餘三處礁區覆網清網與總體檢，以減低魚類棲息地之破壞。

海洋漁業資源保育理念，需要持續宣導，落實深耕教育。市府結合農委會漁業署製作資源保育宣導品－撲滿球，以海洋世界為藍圖，呈現海中多樣絢麗景致，並將保育意念詳實標示，確實達到漁業資源保育行銷宣導。同時撲滿球具有存錢功能，更加深宣導存小魚變大魚之理念，將資源保育宣導向下扎根。