臺東林區管理處委託野聲環境生態顧問有限公司，於108年度開始執行知本溪生態資源調查計畫，歷經一年半時間完成階段性調查，於知本溪記錄到豐富的水陸域動植物，豐富成果經由野聲專業團隊分析歸納，提供後續知本溪周邊相關治理規劃之重要參考，臺東林管處期盼生態調查結果能與未來各單位治理規劃結合，提升生態保育成效。

此次，生態資源調查，總計於知本溪記錄到魚類10科20種及蝦蟹類3科11種，在知本林道則記錄到哺乳類24種、鳥類113種、兩棲類13種、爬蟲類14種、蝴蝶類106種、蜻蛉目16種以及維管束植物442種。各類生物中不乏珍貴稀有之物種，如知本溪記錄到臺東間爬岩鰍、兔頭瓢鰭鰕虎、高身白甲魚、細額沼蝦等水族生物，知本林道則記錄到臺灣黑熊、穿山甲、黃喉貂、八色鳥等少見的中大型哺乳類及鳥類，也有保育類的橙腹樹蛙、黃裳鳳蝶等兩棲類及昆蟲，植物方面則有紅皮書等級瀕危(EN)知小垂枝石松、恆春青牛膽等，有美麗的黃喉貂、一家活動的食蟹獴、難得一見的八色鳥等等，也期盼豐富的影像記錄能夠妥善保存，除了作為知本豐富生態的見證之外，未來也能做為臺東林管處宣揚生態保育重要性的寶貴資料。

野聲團隊根據生態調查結果，分析並盤點知本溪及知本林道之生態保育議題，並依據其專業提供解決方案，如知本溪之洄游生物洄游路徑受阻、取水造成之斷流問題以及各項工程可能引起之干擾，知本林道則有潛在人獸衝突之可能性。野聲團隊具體建議規劃河川縱向生態廊道改善方案、施工期間避開洄游生物遷移高峰期、避開生態敏感區域、縮減施工量體、協調取水單位維持主流水量、提升環境教育之成效等。臺東林區管理處表示，各項建議納為未來河川整治及林道工程生態保育考量。