台南縣畜牧業界在莫拉克颱風受災情形相當嚴重，相關受損金額就高達近6億元，同時由於水淹的範圍相當廣大，造成不少牲畜因而淹死，一度讓台南縣在風災期間出現公共衛生與疫疾問題，所幸縣府在第一時間以專業判斷及公權力，全力執行動物屍體清運作業，以避免造成更進一步的環境危害，台南縣畜牧業界，包括台南縣養豬協進會、台南縣養雞協會、台南縣養鴨協會、台南縣酪農牛乳生產合作社等民間團體，為感謝縣府以及蘇煥智縣長在風災期間的幫忙，今(09)日早上特地至縣府拜會蘇縣長，並致贈感謝狀，表達感激之意，此外，在場代表在會中也一致推崇蘇縣長平時主動關心在地產業發展、為民服務的精神，並希望蘇縣長能繼續為地方服務，參選明(99)年底第一屆台南市直轄市的選舉。

相關出席代表除了感謝縣府的協助外，也對於這次莫拉克風災，中央水利單位的相關處置措施表達不滿，尤其曾文水庫洩洪超過一般標準，造成下游堤防溢堤甚至潰堤，致使業者受損的程度超乎預期，對此，業者也表示，災害既然已經發生，中央應放寬災後的相關救助辦法，讓業者的損失有所彌補，否則以現行農委會所公告的救助標準，業者的損失根本難以回本，因而也建議縣府能主動介入，協助業者進一步向中央提出相關求償計畫。

蘇縣長則表示，由於本次風災台南縣受災的情形相當嚴重，對於畜牧業者的損失，縣府除將儘速協助業者將相關災損提報中央申請補助外，也將進一步與各受災族群研商向中央提出國賠的具體措施，蘇縣長也進一步表示，這次風災程度超乎以往，應有長遠具體的治水計畫，絕非是發放救助金或執行初步的復健工程就可以保證未來不會再發生同樣的災害，因此縣府不排除在未來以更實際的行動向中央表達地方的訴求。