全台高鐵站包括桃園、新竹、台中、台南及高雄等五處接駁車目前皆採免費接駁，唯獨嘉義站必須付費，在嘉義縣政府極力爭取、高鐵公司也考量可以衝高業績的誘因下，決定自行吸收民眾搭乘BRT接駁公車的費用，於4月起至12月止，搭乘BRT往返高鐵嘉義站將有免費接駁之優惠。

嘉義縣政府交通局表示，台灣高速鐵路股份有限公司八個停靠點，除台北、板橋站是以捷運接駁外，其餘五個點皆設有免費接駁公車，包括桃園、新竹、台中、台南及高雄五處，卻獨獨只有嘉義站必須付費，對於廣大嘉義縣民相當不公平，嘉義縣政府不斷向高鐵公司反映，終於得到善意回應，同意補助民眾搭乘BRT公車之經費。

交通局指出，高鐵嘉義站於96年1月開始營運，BRT接駁公車3月正式開啟，但一直到97年1月29日才開放民眾免費搭乘，至97年5月31日截止，又恢復收費，嘉義地區民眾只享有不到五個月的免費優惠。

目前嘉義BRT公車是由公路總局委託嘉義客運經營，路權在嘉義客運身上，而這條路線的營運一直處於虧損階段，虧損部分由中央補助，但旅客的乘車費則必須乘客自行負擔，縣府一直向高鐵公司爭取讓民眾免費搭乘，高鐵公司為了衝高載客率，終於同意補助嘉義汽車客運股份有限公司，吸收乘客搭乘費用。

民眾自4月1日起至12月31日止，凡是由高鐵站出發，或終點在高鐵下車者，皆可享有免費接駁的服務，但提醒一般民眾，若在中途下車或上車者則不在免費搭乘之列。