針對媒體報導「朴子溪飄魚屍、環保局今清理」事件，嘉義縣環保局詳細說明幾天來的處理過程，包括是否有工廠偷排放廢水污染等因素，該局將加強雨天、假日及夜間稽查工作，嚴懲不法，也歡迎民眾踴躍檢舉(將發給檢舉獎金，連絡電話05：3620800#600、mail：cy398@cyepb.gov.tw)。

環保局說明原委指出，5月26日14:53接獲民眾通報「朴子大橋上游有大量死魚群」，隨即派員會同前往查看，並進行溪水水質採樣檢測工作。

5月27日10:55該民眾再和媒體朋友到環保局反應，局長立即指示安排水利署第五河川局、及家畜疾病防治所前往勘查，決定僱用船筏自5月28日起開始進行魚屍撈除工作。

環保局表示，局長於5月27日上午獲報，立即要求安排重新前往勘查、探討魚死因及未來防範重點，初步認為，除了是否與5月28日報載竹崎鄉番路鄉交界的清水溪發生毒魚事件有關外，5月23日下大雨，致河川水質產生劇烈變化、或有工廠偷排放未妥善處理廢水污染，都是可能肇事原因。

環保局將加強雨天、假日及夜間的稽查工作，如發現有偷排污水工廠，即依水污染防治法的規定處以6萬至60萬元罰款，若民眾發現有污染的情形主動通報環保局，經稽查處罰確定，環保局將報請環保署擇優表揚，並發給檢舉獎金。

環保局並針對該事件可能因環保局人員誤判造成處理上有不妥的地方，向該民眾表示歉意，而且將引為警惕，凡民眾通報污染事件，該局都會在第一時間前往，並謹慎處理。