臺南市高國民中小學99學年度校長遴選第一階段作業於6月17日舉行，遴選結果如下：
連任者有南寧高中校長顏弘洺、賢北國小校長林泓成、和順國小校長王國雄、東光國小校長蔡錦治；新任者土城高中校長林淑敏（現任臺南市教育處副處長）、復興國中校長林茂生（現任崇明國中校長）、崇明國中校長陳耀明（現任金城國中校長）、進學國小校長李添旺（現任開元國小校長）、安慶國小校長黃俊傑（現任土城國小校長）、大港國小校長吳淑美（現任忠義國小校長）、永福國小校長吳明?（現任新南國小校長）、開元國小校長林清海（現任成功國小校長）、忠義國小校長蔡東峰（現任顯宮國小校長）。
至於第二階段校長遴選國中出缺學校金城國中、中山國中、忠孝國中；國小出缺學校新南國小、顯宮國小、南興國小、土城國小、成功國小，並訂於99年6月21日下午舉行，屆時則由台南市候用校長及具有遴選資格者參與第二階段遴選。