反竹科竹南基地徵收的農民到立法院陳情，要求縣府停工。苗栗縣府6月30日回應指出，同意徵收的地主要求須依進度施工，以免多數地主權益受損；縣府不會停工，將按進度施工。

竹科竹南基地徵收大埔地區農地，部分農民上午前往立院陳情抗議，指縣府強迫民眾拆遷房屋、徵收土地，要求縣府停止拆屋、施工。縣府下午回應指出，土地徵收都依法執行，縣府必須尊重其他高達98%的大部分地主權益，將按進度持續施工。

苗栗縣府表示，計畫案被徵收土地的所有權人有900多人，地主可選擇申領抵價地或現金補償，98%農民地主已完成申領抵價地，地主要求縣府顧及大部分地主的權益，如期施工、配地；縣府將不會停工，按進度持續施工。

縣府工商發展處指出，縣府辦理竹南科學園區周邊地區特定區計畫，為讓民眾充分了解計畫內容，共計舉辦過3場公聽會、8場說明會、8場區段徵收座談會、3場協議價購會議及區段徵收說明會，該案主要計畫及細部計畫均經內政部都委會審定，目前進行的區段徵收範圍內公共設施工程，一切都依法辦理。

地政處指出，未申請抵價地亦未領取的地價補償費，已在98年9月11日辦理提保管，完成徵收程序，今年2月區段徵收範圍內所有土地亦已移轉登記為苗栗縣所有，並在3月8日公告註銷原土地所有權狀，施工單位4月間在區段徵收範圍內農田且豎立告示牌，通告地主「近期將全面施工，進行整地工程，請勿種植農作物，以免農作物受損」

該處並進一步說明，在法令允許範圍內，縣府皆以從寬從優方式補償相關土地所有權人，抵價地發還比例，曾經辦理農地重劃地區46％，未曾農地重劃地區41％，高於外縣市的分配比例，並同意程序違建補照，增加補償費978萬7780元，房租津貼每戶每月發放8千元，補助1年6個月。

在查估補償方面，依據現行「苗栗縣辦理公共工程建築改良物拆遷補償自治條例」及「苗栗縣辦理徵收土地農作改良物水產養殖物及畜禽查估補償自治條例」規定，各項標的之補償查估價格，已趨近目前市場價格。複估作業亦依法從寬認定，包括農作物、建築物、畜禽等補償費共計提高5110萬615對於地主反映對查估作業及相關權益的疑慮，縣府也由參議林茂景帶領專案小組逐一拜訪說明，解答相關疑問，在維護地主權益上展現最大誠意，並落實縣府97年8月26日在內政部都委會第689次會議中承諾的事項。