為提供旅客更便捷的接駁服務，經交通部及臺南市政府等縣市數月來協商與努力，臺灣高鐵公司自4月1日起與客運業者合作，推出全新「高鐵快捷公車」，其中高鐵臺南站之4線高鐵快捷公車係由交通部公路總局釋放公路客運營運路線，交由興南客運經營，透過臺灣高鐵公司與興南客運公司聯合行銷方式，除原有臺南公園線(行經火車站)外，再增加市府線及奇美醫院線，均採免費轉乘措施以爭取客源，為提供臺南地區高鐵旅客更便利、快捷的到、離站接駁服務，各路線站位不逾10站，班距在20-35分間，旅客可於40-50分間抵達目的地，且「非高鐵旅客」（上下車地點皆非在高鐵車站者）不得搭乘高鐵快捷公車。

依據臺灣高鐵公司資料顯示，高鐵各車站自前（2007）年11月起提供「高鐵免費快捷專車」服務，截至今年2月底為止，以「高鐵臺南站－臺南公園」累計服務旅客數最多，達111萬3千人次，平均每日服務旅客2千777人次，轉乘率達21.59%。為擴大快捷公車服務範圍及服務水準，路線及站位經交通部公路總局、台南縣、市政府、高鐵公司與客運業者會勘增修調整，班次亦配合高鐵車班排定。高鐵臺南站自98年4月1日起提供全新「市府線」、「臺南公園線」、「奇美醫院線」及「南科線」4條公車路線提供接駁服務，每日由原班次112班增加為250班次往返高鐵車站及市區，「市府線」及「奇美醫院線」每日行駛70班次，約25-35分鐘乙班車；「臺南公園線」每日行駛100班次，約20分鐘乙班車；另「南科線」則維持每日行駛10班次，約2小時乙班車。

快捷公車「臺南公園線」(行經火車站)原行駛長榮路調整為行駛林森路，故原「成大自強校區」移設於林森路「成大自強校區」站，原「誠品書店」站移設於林森路之「臺南監理站」站，並增設「東門國宅」站、「巴克禮公園」站及「台南都會公園」站；「市府線」則增設「興南客運臺南站」、「延平郡王祠」站及「台南都會公園」站，至於「奇美醫院」線因調整行駛路線，增設「兵仔市」站、「中華東/東門路」站及「仁德交流道」站，另「南科線」則增設「新市火車站」及「興南客運新化站」。

旅客搭乘高鐵快捷公車到、離站，除「南科線」係按里程收費外，其餘路線皆可享有免費接駁服務（原「高鐵免費快捷專車」服務於3月31日截止），且高鐵快捷公車之末班車，皆配合該站高鐵列車最晚抵達時間發車，方便深夜需要接駁工具的旅客搭乘。

此外，臺南市政府為提供民眾更詳盡之公車到站訊息，已配合將4條高鐵快捷公車路線納入臺南市公車動態資訊系統監控，且4條高鐵快捷公車路線均提供車上站名播報及車頭LED路線顯示服務，另市府線及臺南公園線去程全線站位均建置智慧型站牌(候車亭或直立式站牌)，提供公車即時到站訊息。查詢公車資訊請至臺南市e-bus便民網站http://ebus.tncg.gov.tw或公車語音查詢電話：(06)2998484(我坐坐巴士巴士)。