離岸風力發電是綠能產業，缺點是部分在海上活動的飛鳥會發生撞擊葉片的意外，由於離岸風場分布的台灣海峽，是黑面琵鷺的必經之地，屏科大鳥類研究室和友善生態環境的風電業者合作，衛星追蹤19隻黑琵，以了解其跨海遷移線和飛行高度，並試圖釐清風機對台灣稀有候鳥的影響，且透過追蹤定位找到黑面琵鷺的出沒死角，巡守黑面琵鷺狀況，通報中毒案件。

屏東科技大學野生動物研究所教授孫元勳表示，雖然黑琵的視力良好，追蹤這19隻黑琵，發現3隻路徑進入風場但會避開風機，有1隻甚至接近風機前，瞬間爬升逾200公尺高，巧妙避開葉片施轉區而逃過一劫，不過難保在濃霧下不會發生意外；另外，追蹤飛回韓國的這19隻黑琵中，編號T95的黑琵去年10月17日又從韓國舊地重遊，19小時內直飛了1700多公里，在彰化沿海進入台灣。

除了風機可能造成的意外事故，孫元勳表示，中南部進入冬季枯水期，加上氣溫較高，在缺水水域就易造成水中缺氧，黑琵取食的魚蝦體內就易產生肉毒桿菌，使得黑琵中毒癱軟或死亡。

榮獲第47屆休士頓國際影展電視紀錄片類金獎(GOLD Remi Award/ WorldFest-Houston International Film Festiva)，國家地理頻道紀錄片《熊鷹英雄》主角孫元勳博士，曾研究黃魚鴞和鴛鴦，並在2002年七月與生態紀錄片攝影家陳進發共同發表野生鴛鴦紀錄影片。

孫元勳專精稀有鳥類生態與管理，經過多年的研究發現，像老鷹、貓頭鷹之類的鳥類現在已經變得非常稀有，他推測除了農田面積縮減，間接食用內含農藥或殺鼠藥的獵物是造成這些族群越來越稀少的重要原因。因此這些年他呼籲並推動以良心對待這些猛禽。孫元勳表示，良心就是善心、好心、惻隱之心，可以讓人家覺得安全、願意靠近，是生存空間裡很需要的元素，環境的好壞、健不健康，每一根草乾不乾淨，常常反應出住在那個地方的人，怎麼去對待他們生活的土地，如果對養育他們的土地，不心存感激，隨便倒廢棄物，亂丟垃圾，常常用除草劑，這些方式常常讓這塊土地無法承受，結果不只環境會讓人感覺不舒服，甚至土地還會造成人們的危害。

儘管教學與研究工作忙碌，孫元勳總是充滿正面能量，平日透過在太極門練氣養生，保持身心靈健康與快樂心情，他說：「我的師父洪道子博士曾告訴我『境由心生』，也就是我們面臨處境挫折，有時候是因為我們心打不開！」「境由心生不是一門易學功夫，是我在太極門練氣功二十多年，由我師父那裡所獲得的體悟：環境要能由心來轉動，要由學習愛自己和關心別人開始著手，一旦身體力行之後，內心自然會有體悟和感動，轉動的能量就會一點一滴儲存，開始和自己對話，逐漸習慣正面思考。」這些體會也反映在他的教育上，期望學生學會面對任何困境都能保持快樂的心。

「環境要由良心來轉動。」孫元勳指出，環境跟經濟的開發有很大的關係，飢寒起盜心，地球環境的惡化，常因整個地球的資源分配不均，貧富差異太大，即使再有錢，可能也享受不到好的空氣，因為別的國家燃燒森林造成空汙，任何人都無法置身事外，他呼籲世界各國要相互幫忙，地球才能永續生存！孫元勳邀請大家一起推動良心時代運動宣言連署，說良心話、做良心事，凝聚善心，發揮善的蝴蝶效應。