台灣目前規範宗教的法律「監督寺廟條例」，早在1929年訓政時期制定，高齡八十五歲，年代已久，不合時宜，內容簡陋僅規範佛、道二教，其他宗教類別都不包含在內，部分條文於2004年經大法官解釋宣告違憲，前司法院大法官王和雄主持七月一日在東吳大學舉辦的「宗教法人與宗教自由」研討會上表示，宗教信仰牽扯到靈魂拯救與生命的歸趨，在神職人員認為這是國家公權力不可及的領域，國家連管都不能管，談都不能談，而站在傳統主權至上的觀念，國家是唯一的統治者當然要介入宗教團體內部的運作，並且要深入各階層統治，基於這些複雜的問題，讓宗教團體法草案歷經十年歲月，尚未完成。

前大法官王和雄表示，宗教自由與平等問題〈也就是宗教法人地位與保障問題〉、宗教與法律以及宗教團體組織之規範與自由〈從釋字第573號解釋談起〉，這三個問題是現階段國家與宗教雙方面問題的核心。宗教與國家間的鬥爭，以西方來說特別是歐洲歷經千年的歲月，彼此互相競爭鬥爭，甚至發動戰爭殘殺異己，最後才定位為政教分離，國家與宗教分開，並且認定宗教信仰是個人私事，是個人權力的範圍，國家不應該介入，也確認公權力要還給國家行使，神職人員不應該同時執行國家公權力，國家公務員也不可以肩負傳教或宗教事務。

針對宗教自由與平等的議題，東吳大學法律系教授鄧衍森提出，為行使宗教自由所形成的或出現的宗教團體是否也應享有個人宗教自由相同保障？或是優於其他民間社團所享有之權利？鄧衍森教授認為就人權的理念與人權的規範性來說，人權不適合發展至法人，人權只限於個人，但是以歐洲人權體制為例，歐洲人權公約第九條宗教自由保障，漸漸有宗教團體去主張這樣的權力，歐洲人權委員會對於這些宗教團體，保障大多是財產權及稅的問題。

而且以歐洲人權法院的判例來說，國家法律規定宗教應辦理登記以表明其教派之情形，國家不得基於法律規定對於不同宗教拒絕特定宗教辦理登記，各種宗教不但在法律上一律平等，所有宗教都應享有設立團體或組織之自由，有關其宗教事務與行為均有自主權，而非可依法律規定加以干預或為限制。鄧衍森教授舉例，宗教團體不管社團法人或財團法人，重要是在宗教自由，但是用社團法人概念去規範宗教團體，造成用社員推選理監事，推選住持，荒謬可想而知。

針對宗教與法律議題，東吳大學法律系教授陳清秀表示，法律是規範人間的事務，宗教是規範心靈的事務，法律是規範外在的行為，宗教是規範內在心靈，內在外在有取得一個連繫協調統合，宗教是勸人為善的，國家成立的目的是保護人民的權益，目標一致，不管任何教派，它對國家都有忠誠義務，友善、合作的關係，應該對國家憲法、法律要忠誠，除非法律是惡法，宗教可能說我先信仰上帝，人類訂定的法律是第二順位，所以當上帝與法律有衝突時，我優先遵守上帝。

陳清秀教授以金剛經的理論運用到法律的解釋，不要執著在文字意義的文意解釋，因為有時候過度執著反而危害到立法精神價值，他舉一個案例，國稅局看到一個未分配盈餘轉增資發行緩課股票，股票有三億，公司後來倒閉了，賣了二仟多萬而已，結果課稅課了一億多所得稅，明明他只賣了二仟多萬，國稅局卻堅持說股票面額有三億，那就表示我們解釋法令的執著在表面的表象，沒有真正探索所得稅法是有所得才要課所得稅的基本量能課稅，如果他看了金剛經就不會那麼束縛在表面文字上，所以金剛經對法律就有很大的幫助，他鼓勵要多看看。

四年前已內國法化的兩公約，針對宗教自由亦有明文規定，「公民與政治權利國際公約」第18條規定，人人有思想、信念及宗教之自由，「經濟社會文化權利國際公約」第15條第1項規定，人人有參加文化生活之權利，政府機關應尊重各宗教修行文化團體選擇的運作方式，亦不應予以不平等待遇；甚至經社文公約第15條第2項規定應予以法制化保存及發揚，以確保其權利不被侵害。