環保局表示目前災後為防止淹水區域病媒孳生源及改善衛生條件，環保局配合9月份第二個星期六環境清潔日，自9月1日至9月12日期間，再針對淹水區之村里執行第二波全面噴藥消毒工作，希望民眾加強居家環境衛生清潔及病媒蚊孳生源清除。環保局呼籲縣民，近日應加強巡檢居家環境積水容器，並適度使用水性殺蟲劑或殺幼蟲劑，若需進行大範圍消毒者，可用漂白水稀釋兩百五十倍，進行室內環境及家具、地板擦拭消毒工作，防範各項傳染病發生。

此外台南縣並訂於98年9月12日配合台南縣9月份第二個星期六環境清潔日，結合本縣環保局、鄉(鎮、市)清潔隊、村里長及志(義)工等，一起同步執行災後環境清理及消毒之工作，並藉由大家一起總動員之方式，徹底將家戶室內外及環境整理乾淨，為有效控制及避免災後發生疫情，並確保台南縣環境衛生能有效獲得復原，及避免災後登革熱之流行發生，亦將針對淹水後之空地及其他戶外病媒孳生場所，加強執行全縣各村里戶外環境病媒蚊孳生源清除、環境整頓工作、清除積水容器、消除髒亂點、減少病媒蚊孳生場所等，並積極進行民眾宣導，強調自我檢查與落實清理之重要性，降低病媒蚊密度指數，以達成全面防疫及杜絕登革熱擴大流行之危機。莫拉克颱風造成本縣部分地區淹水情況嚴重，預計至9月12日針對淹水之鄉(鎮、市)及村里，全數完成第二次環境消毒工作。

環保局再次呼籲縣民近日天氣炎熱，希望縣民配合同步加強環境清潔工作，遏止登革熱疫情發生，江局長世民表示，防疫工作絕對不容許出現漏洞，民眾亦須配合落實每日自主健康管理，再次強調防疫工作應視同作戰，目前這關鍵時刻更不可輕忽，必須做好各項防疫準備，以建構無疏漏的防疫安全網。