為維護旗鼓航線航行及市民生命財產安全，高雄市政府與高雄港務局經過多年努力，23艘民間舢舨船終於奉行政院核定收購，市府98年3月17日公告收購，23艘舢舨船已全部完成登記收購，來往鼓山─旗津間的舢舨船正式吹熄燈號。市長陳菊表示：感念業者50多年在高雄港的貢獻，也替市民航安更有保障感到欣慰。

俗稱「野雞船」的老舊舢舨船，在台灣光復、建設高雄港時就已存在，在過港隧道尚未開通前，舢舨船成為旗津人所仰賴的對外交通工具，也成為旗津地方特色之一。但隨著過港隧道的開通、新購渡輪加入營運航次密集，舢舨船逐漸遭到淘汰，最後只剩23艘，近年來因船隻老舊、欠缺安全設備，一直被行政院消保會、市府消保官檢查不合格，列為公共安全惡劣之船隻。

為改善進出高雄港第一港口船舶航行安全，並保障乘客生命財產安全，市府於94年起即考量辦理收購，但一直不順利。96年6月4日起市長陳菊指示交通局積極與交通部溝通協調，協調期間，交通部認為收購價格太高，並要求市府委託相關船舶機構進行鑑價，若依鑑價，每艘舢舨船收購價格約100~120萬元，市府認為其價格過低，不足以照顧業者，經由多次交通部的協商，加上市議員李喬如及立法委員管碧玲積極協助，行政院於今年元月核定舢舨船收購價格，平均每艘舢舨船收購價格提高為200~250萬元，23位業者已全部完成登記收購，航行於鼓山─旗津舢舨船也正式走入歷史。

為解決旗津鼓山民眾交通問題，市長陳菊指示交通局自今年3月6日延長渡輪營運時間到凌晨2點，同時，為提升哈瑪星觀光機能，並提供乘客更舒適候船空間，市府將增建鼓山輪渡站候船室與鼓山漁港一號船渠景觀橋工程，預定今年10月前完成。